Mikrobiyota sindirim esnasında sanal bir biyoreaktör olarak çalışarak besin maddelerinin yararlı hale dönüştürülmesinde önemli rol oynar (3). Bazı B vitaminleri, K vitamini, folat ve kısa zincirli yağ asitleri bu bakteriler tarafından sentezlenir. Bir bireyin günlük enerji ihtiyacının % 10 kadarı bu bakterilerin fermantasyonundan elde edilir. Gastrointestinal mikrobiyota, normal bağışıklık sisteminin sürdürülebilmesi için kritik öneme sahiptir (4). Bağışıklık ve nöromotor fonksiyonun modülasyonu, mukozal bariyer fonksiyonu ve anti-patojen etkileri bulunur (5-7).  Mikrobiyota tarafından salgılanan çözünür ürünler (mediyatörler) de önemli fizyolojik fonksiyonlara aracılık eder (8,9). 

Gastrointestinal kanaldaki bakteriyal flora kişisel farklılıklar göstermekte ve parmak izi kadar bireye özgü özellikler taşımaktadır. Bireye özgü kolonik floranın oluşmasında doğum şekli (vajinal, sezaryan), annenin vajinal ve kolonik florası, doğum sonrası beslenme tarzı (anne sütü, hazır mama), yakın çevre florası etkilidir. Bireye özgü kalıcı flora ilk üç yaşta oluşur.
Daha ileri yaşlarda kişinin beslenme tarzının ve yaşam koşullarının da flora üzerine etkisi vardır. Kişinin genetik özellikleri yanında, kolonik floradaki bireysel farklılıkların bazı hastalıkların patogenezinde rol oynadığı bildirilmektedir. Bu nedenle kolonun yararlı bakteriler ile kolonize edilerek olası hastalıkların önlenebileceği düşünülmektedir.

Kolonda yararlı bakteriler ile zararlı bakteriler arasındaki dengenin sağlıklı flora aleyhine bozulması (disbiyozis), bağırsak bariyerinin bozularak aşırı geçirgen bağırsak sendromu (leaky gut) oluşması, kronik inflamatuvar hastalıkların gelişimine zemin hazırlamaktadır. Bu hastalıkların etyopatogenezinde genetik yatkınlığın yanı sıra, bağırsak florasındaki dengenin bozulması ile birlikte mukozal immün yanıtta oluşan anormallik ve tolerans bozukluklarının rolü olduğu düşünülmektedir (10). 

İkinci Dünya savaşından sonra batı dünyasındaki sosyo-ekonomik refah artışı ile hijyenik yaşam tarzı, raf ömrü uzun ve katkı maddeleri içeren rafine beslenme alışkanlıkları ön plana çıkmıştır. Bunun yanında sanayileşme ile birlikte hayatımıza giren endüstriyel toksinler, plastik, kimyasal ve metaller, aşırı ilaç kullanımı (antibiyotik, non-steroid antiinflamatuvar ağrı kesiciler, proton pompa inhibitörü mide ilaçları vb), deterjanlar, tarımda kullanılan insektisitler disbiyozisin en önemli etkenleri olarak sayılırlar. Araştırmalar bağırsak flora bozukluğunun kronik inflamatuvar hastalıkların gelişimine zemin hazırladığını ortaya koymaktadır. Batılı yaşam tarzı olan ülkelerde, son 50 yılda kronik inflamatuvar hastalıklarda ciddi bir artış gözlenmektedir. Kronik inflamasyon zemininde gelişen hastalıklar arasında diyabet, romatizmal hastalıklar, inflamatuvar bağırsak hastalıkları, kalp damar hastalıkları, allerjiler, ekzama, akne rozasea, vitiligo gibi deri hastalıkları, otoimmün hastalıklar, hashimoto troiditi, depresyon, parkinson veya multiple skleroz gibi nörodejeneratif hastalıklar sayılmaktadır (11). 

İnsan sağlığını daha iyi hale getirmek için yararlı bakterilerin kullanımı yüz yıldan beri insanlığın gündemindedir. İnsan sağlığına yararlı canlı bakterilere probiyotik denir. Bunlar genellikle Bifidobakteria ve Laktobasillus gibi laktik asit oluşturan bakteriler olup, en çok yoğurt ve diğer süt ürünlerinde bulunur.  Bu bakteriler patojen ve toksik değildir. Diyetle alınan, sindirilmeyen, fermente olabilen ve bağırsakta bulunan yararlı bakterilerin çoğalmasını sağlayan besin maddelerine prebiyotik (frukto-oligosakkaritler, inülin, galakto-sakkaritler, laktüloz, laktilol), probiyotik ve prebiyotiklerin birlikte kullanımına ise sinbiyotik (bifidobakteria + frukto-oligosakkaritler vb) denir.

Kommensal mikrobiyotanın metabolizma ve beslenme fonksiyonlarına katkıda bulunmasının yanı sıra probiyotiklerin başka yararlı etkileri de bulunmaktadır. Probiyotiklere atfedilen bu özel etkiler; bağışıklık sisteminin düzenlenmesi, duyu-motor fonksiyonlarının düzenlenmesi, bağırsak mukozal bariyer fonksiyonunun arttırılması ve anti-patojen etkilerdir (Şekil 1). 
Probiyotiklerin fayda sağladığı mekanizmalar spesifik probiyotik suşla ilişkilidir. Bu nedenle probiyotik kullanımında klinik endikasyonun ve hangi suşla ilgili olduğunun dikkate alınması önemlidir (12,13). Antibiyotiklerin klinik kullanımdaki reçeteleme esasları gibi, probiyotiklerde de klinik duruma özgü suşun ve dozajın seçimine odaklanılmalıdır. Yapılan çalışmalar ile gelecekte, belirli bir probiyotik suşun, hastanın spesifik patojenik defekti, klinik problemi ile ilgisi ve mekanizmalar daha iyi anlaşılır hale gelecektir. 

Kolonda yararlı bakteriler ile zararlı bakteriler arasındaki denge bozulunca kronik inflamasyon ortaya çıkmaktadır. İnflamatuvar bağırsak hastalıklarında Lactobacillus ve Bifidobacterium türlerinin azaldığı ve bunların yerini farklı mikroorganizmaların aldığı bilinmektedir.

Yapılan çalışmalar son yıllarda obezite prevalansının erkeklerde % 32.2, kadınlarda % 35.5 oranında artış gösterdiğini bildirmektedir. Bu artıştan batılı yaşam tarzının getirdiği beslenme alışkanlıkları ve azalmış fiziksel aktivite yanında gastrointestinal (GI) kanaldaki mikrobiyotanın değişimi de sorumlu tutulmaktadır (43). 

Anne mikrobiyomu sağlıklı bir doğum ve sağlıklı bir çocuk için önemli bir belirleyici faktör olarak kabul edilmektedir (Şekil 2). Yapılan çalışmalarda preterm doğum, preeklampsi, gestasyonel diyabet, gestasyonel hipertansiyon ve aşırı gebelik ağırlığı gibi yenidoğan ve bebek sağlığını olumsuz etkilediği bilinen gebelik sorunlarında maternal mikrobiyomun önemi bildirilmektedir (46).

Otizm benzeri hastalıkların (ASD) patogenezinde bağırsak-beyin ekseninin rol aldığı gündemdedir. Bağırsak-beyin ekseni bir iletişim yolu olarak kabul edilir ve bağırsak-beyin arasındaki bu iletişim iki yönlüdür. Bağırsak mikrobiyotası, beynin işlevini nöroendokrin, nöroimmün, otonom sinir sistemleri ve mikrobiyotik toksin üretimi yolu ile etkiler (Şekil 3). ASD’li bireylerde bağırsak geçirgenliğinin arttığı (sızdıran bağırsak "Leaky gut") ve toksinlerin, bakteriyel ürünlerin kan dolaşımına geçerek beyin fonksiyonlarını etkilediği bildirilmektedir (47).

Dışkı flora testleri bağırsaktaki problemin tanısında, klinik bulgular ile flora arasında ilişkiyi ortaya koymada ve uygun probiyotik seçimi, tedavi protokolünü oluşturmada bize yol gösterici çok önemli testlerdir. Dikkat edilmesi gereken nokta, bu testlerin kalite ve standardizasyon belgesine sahip laboratuvarlarda, doğruluğu kanıtlanmış referans yöntemler ile çalışılması ve laboratuvar uzman hekimleri tarafından yorumlanarak raporlanmasıdır.  Aşağıda bu standartta bir rapor örneği bulunmaktadır.

Anaeroplar yalnızca oksijen yokluğunda yaşayabilen bakterilerdir ve kolon  florasının yaklaşık %99’unu oluştururlar.

Clostridia türlerinin artmış miktarı bozulmuş kolon direncinin bir belirtisidir. Genellikle yanlış beslenme ve yanlış yaşam şekli alışkanlıkları sebebiyledir. Örneğin Yaşa bağlı kısıtlı çiğneme hareketi, değişen beslenme alışkanlıkları, çiğ lif bakımından eksik beslenme, yağ ve proteince zengin beslenme, bağırsak tembelliği (hareket yokluğuna bağlı), kolesterol bağlayan ilaç alımı ve artmış substrat alımı nedeniyle oluşabilir.Sindirim bozukluğu veya absorpsiyon bozukluğu da aşırı artmış substrat varlığına ve dolayısıyla Clostridia için daha iyi bir ortam oluşturur. Clostridia yoğun metabolik aktiviteleriyle ayırt edilir. Yağ ve protein kullanmaları tüm organizmayı strese sokan toksik metabolitler (ör. biyojenik aminler, amonyak, enterotoksinler) üretir. Toksin üreten türleri, kolaylaştırıcı faktörlerin varlığında ağır kolite neden olabilir. Bazı Clostridia türleri kolorektal karsinom gelişimiyle ilişkili, safra asidinden türevlenen (NDH-Clostridia) prekanseröz maddeler geliştirebilir. Buna ek olarak bazı tipler güçlü gaz yapıcıdır; midede artmış gaz birikmesi şikâyetleri Clostridia’ya atfedilebilir.

Mantarlar, fizyolojik bağırsak florasının öncelikli bölümleri arasında değildir fakat günlük olarak gıdalarla (özellikle sebze kökenli  gıdalarla)  birlikte tüketilirler. Pozitif dışkı kültürünün tek önemi, geçici mantar florasını  göstermesidir. Dışkıda maya mantarının pozitif olmasının klinik önemini değerlendirmek için her zaman geçici, ortakçı ve patolojik kolonizasyon  arasında ayırım yapılması gerekir. Tek başına kültür sonuçları burada yeterli değildir. 

Dışkı numunesinde Candida albicans tespit edilmedi. Ancak, yapışkan maya florası durumunda mantar hücrelerinin sürekli olmayan ara ara dışkıda pul pul dökülmesinin beklendiğini hatırlayın. Bu durum feçesde  takip eden testlerde mantar pozitif ve mantar negatif saptanması değişimini açıklamaktadır. Mayaların varlığını bir defalık numunede doğrulamak her zaman mümkün olmadığı için, intestinal mikozun klinik şüphesi durumunda (aşırı gaz, şişkinlik belirtileri varsa) kalıcı mantar kolonizasyonunu göstermek için LTT candida testi önerilir.

İnflamatuvar bağırsak hastalıklarında kalprotektin değerlerinin arttığı görülür. Kalprotektin,  intestinal mukozada inflamasyon ve tümöre benzer mutasyonlar olduğunda granülosit nötrofiller tarafından üretimi artan  bir proteindir. Özellikle kararsız mikroekolojik bağırsak ortamında toksik veya kemotaktik madde salan birçok bakteri ve mikroorganizma yer almaktadır. Bu maddeler granülositlerden, kalprotektin benzeri maddeler salarak bağırsak lümenine penetrasyonunu tetiklemektedir. Kalprotektin seviyesi bağırsak lümenine göç etmiş olan granülosit sayısıyla orantılıdır; dolayısıyla inflamasyon aktivitesinin derecesini yansıtmaktadır.

Crohn veya Ülseratif kolitten mustarip hastalarda kalprotektin bir progresyon parametresi haline gelmiştir. Yaklaşık 400 mg/l kalprotektin seviyesi akut bir atağı göstermektedir. Artmış kalprotektin salımı intestinal mukoza adenomunda veya kolorektal kanserde de tespit edilebildiği için, hastanın yaşına ve anamnezine bağlı olarak, 60 mg/l üzerinde ek fekal parametreler ile (dışkıda gizli kan, dışkı Tümör M2PK) değerlendirme  önerilir. (kolorektal karsinoma ve adenomatöz polipler için duyarlılık %79, özgüllük %72). Bunlara ek olarak düzenli check-up yaptırılması, ısrarcı veya artan seviyelerin endoskopi yapılarak değerlendirilmesi  gerekir. 70 mg/l’nin üzerindeki seviyeler veya şüpheli anamnez durumunda derhal endoskopi yapılması önerilir.

Pankreas elastaz konsantrasyonu hafifçe azalmış. Özellikle sindirimi zor veya proteince zengin öğünlerde sindirim bozukluğu şikâyetleri ortaya çıkabilir. Yükselmiş çürüme aktivitesi de ör. histamin benzeri biyojenik aminlerin oluşumuyla sonuçlanmaktadır. Görevi histamininin parçalanması olan diaminoksidaz enziminin zayıf aktivite göstermesi durumunda, histaminoz semptomları ortaya çıkabilir ve yalancı alerjik reaksiyonlar görülebilir. Histaminoz, gaitada histamin ve serumda diaminoksidaz varlığıyla tespit edilmelidir. Düşük elastaz değerleri de hızlanmış intestinal pasaj (diyare), absorpsiyon bozukluğu ve Billroth-II operasyonlarına karşılık gelmektedir.